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常见的益生元有：不可吸收的碳水化合物（低聚糖和多糖），肽，蛋白质和脂质，豆类，水果和谷物也是益生元的天然来源。但大多数益生元是工业化学和酶法合成的。一些常用的益生元是：FOS ，低聚果糖，反式低聚半乳糖（TOS），葡萄糖低聚糖，低聚糖寡糖，乳果糖，乳糖醇，麦芽低聚糖，低聚木糖，水苏糖和棉子糖。当它们到达大肠时，这些物质成为肠道微生物的有益营养底物。在对宿主健康有利影响的性质方面，益生元可分为以下几组：未消化（或仅部分消化），不能被小肠吸收的，口腔内微生物不能发酵的，发酵良好对肠道微生物有益的。

在畜牧营养中最常用的益生元是：FOS，GOS，菊粉，异麦芽寡糖（IMO），低聚木糖（XOS），乳酸，乳果糖，谷物纤维。在设计益生元配方的组合物时，确定合适的剂量是非常重要的，因为过量使用益生元可能导致胃肠胀气和腹泻。另一方面的优点是它们可以长期预防使用，无抗生素的副作用。